【導讀】便攜式DNA測序儀公司Oxford Nanopore Technologies在2012年發(fā)表了相當于一般U盤大小的USB測序設備，其尺寸比一副紙牌更小。盡管具有創(chuàng)新性，但也存在不少問題——包括有一點延遲，有時也不太準確。該測序儀可從雙股螺結(jié)構(gòu)中取得單鏈DNA，并經(jīng)由蛋白質(zhì)孔傳送少量的電流。
英國伯明翰大學(University of Birmingham)研究人員透過納米孔技術(shù)為Oxford Nanopore測序儀開發(fā)超長讀長，并擴展其功能為整個基因組進行測序。
便攜式DNA測序儀公司Oxford Nanopore Technologies在2012年發(fā)表了相當于一般U盤大小的USB測序設備，其尺寸比一副紙牌更小。盡管具有創(chuàng)新性，但也存在不少問題——包括有一點延遲，有時也不太準確。該測序儀可從雙股螺結(jié)構(gòu)中取得單鏈DNA，并經(jīng)由蛋白質(zhì)孔傳送少量的電流。
根據(jù)美國科技網(wǎng)站Ars Technica報導，DNA的4個堿基(A、C、G、T)能以不同方式改變納米孔兩側(cè)電流與電壓，透過測量該電流與電壓的變化，就能分別對于單鏈DNA進行測序。
六年后的今天，研究人員由于關(guān)注這些蛋白質(zhì)納米孔的特性，發(fā)現(xiàn)了該測序儀的新用途。在日前發(fā)表于《自然生物技術(shù)》(Nature Biotechnology)期刊的論文中，英國伯明翰大學的研究人員介紹該測序儀所提供的超長讀長(long read)，以及如何將它用于為先前抗拒表征的人類基因組進行測序。該設備還可用于決定來自另一個基因的兩組染色體，為整個基因組定位表觀遺傳學控制的區(qū)域。
該測序儀的新用途是由英國伯明翰大學(University of Birmingham)微生物與感染學研究所教授Nick Loman和博士班研究生Josh Quick共同開發(fā)的。Quick在發(fā)展讀長方法方面扮演重要角色。
雖然該測序儀仍然易于出錯，但比起具有較高準確度的測序儀發(fā)生錯誤時卻更勝一籌，特別是在讀取具有超過200個堿基的DNA時。當DNA重復時，其他的軟件程序也沒輒了。而當高度準確的設備搭配Oxford Nanopore的小型設備使用時，可實現(xiàn)一種提供序列的折衷方案，并顯示該序列如何形成更大的部份。
該研究采用不同的軟件解決方案和電壓數(shù)據(jù)詮釋數(shù)據(jù)，探索幾種產(chǎn)生最佳納米孔測序的方法。研究人員以多種方法進行多次讀取和繪圖，最終達到了99.44%的準確率。
Ars Technica的報導中解釋，因為我們繼承了分別來自父母的兩個復制染色體——盡管版本不同，但底層的DNA是相同的。這意味著短讀長的DNA無法確定二者分別為何。因此，納米孔提供的長讀取極其關(guān)鍵。在實驗過程中，研究人員發(fā)現(xiàn)其讀長高達88.2萬個堿基，這是在最初的基因組測序計劃中無法實現(xiàn)的。研究人員并預測，這項新的應用將有助于填補原始基因組計劃中的所有空缺。
研究人員在研究過程中確實也遇到了一些挑戰(zhàn)。他們發(fā)現(xiàn)用于保存DNA數(shù)據(jù)的通用檔案規(guī)格無法處理過長的序列，導致分析軟件出現(xiàn)故障。當然，如果能更新軟件使其包含這項功能，那么未來應用可能性是無止境的。
Loman說：“即使是在一年前，實際上也還難以對整個人類的基因組進行測序，但得力于納米孔等技術(shù)近來的進展和創(chuàng)新，我們現(xiàn)在已能測序非常長的基因組片段。”他還把這種測序方法比喻為拼圖。
“在這項研究中，最重要的發(fā)現(xiàn)之一是，即使完成了人類基因組參考或者認為已經(jīng)完成一段時間了，它仍然包含許多不足的部份，我們開發(fā)的新方法采用納米孔測序發(fā)展出超長讀長，從而縮短了序列中的一些差距。”
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